home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Inside Indy 1993 / Inside Indy 1993.iso / demos / CHEM / ribbon / data / dna.notes < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-06-23  |  1.5 KB  |  62 lines
  1.  
  2.                 dna model
  3.  
  4.     Data Files:
  5.  
  6.     An ideal 24-base pair B-DNA model was provided by Robert Tan.
  7.  
  8.     This file was edited to produce two pdb files, one for each strand:
  9.         bdna_1.pdb    bdna_2.pdb
  10.  
  11.     A secondary structure assignment was made automatically:
  12.         foreach i ( 1 2 )
  13.             pdb-nuc-pdb bdna_$i.pdb bdna_$i.ss
  14.             end
  15.  
  16.     The *.ribbons file consists of two filenames:
  17.         ls bdna_1.ss > dna.ribbons
  18.         ls bdna_2.ss >> dna.ribbons
  19.  
  20.     This file was then edited to add a special color file, "nucleic.color".
  21.  
  22.     The *.coords file consists of two filenames:
  23.         ls bdna_1.pdb > dna.coords
  24.         ls bdna_2.pdb >> dna.coords
  25.  
  26.     This file was then edited to add the special "nucleic" keys.
  27.  
  28.     The *.model file file was created, then edited to change the menu name:
  29.         pdb-model  dna.pdb  dna.model
  30.  
  31.     The model was displayed at this stage to color and 
  32.     select the special "base-Hydrogen bonding" bonds:
  33.         ribbons
  34.         ( display the ribbon, open Ribbon Panel.
  35.           set Sequence Color = "seq",
  36.           set Print Select = "base-H", Print File  => dna_bh0.rcyl
  37.           Exit ribbons )
  38.  
  39.     This cylinder file was renamed:
  40.         mv dna_bh0.rcyl dna_bh.rcyl
  41.  
  42.     The *.bonds file consists of only one filename:
  43.         ls dna_bh.cyl > dna.bonds
  44.  
  45.     The complete double-stranded nucleic acid model 
  46.     is now ready for display.
  47.  
  48.  
  49.  
  50.     Image File:    dna.rgb
  51.  
  52.     The model was displayed with default settings on the Ribbon Panel
  53.     for everything except:
  54.         Sequence Color = "chain"
  55.         Chain Color = "11"    ( bdna_1 )
  56.         Chain Color = "16"    ( bdna_2 )
  57.         Ribbon Style = "Circle"
  58.         Ribbon Samples = "11"
  59.     The image was saved from the Geom Panel.
  60.  
  61.         10
  62.